Кольский полуостров, как источник богатых природных ресурсов, привлек внимание исследователей в 20-30 годы XX века. В этот период на наших северных просторах работало около 400 различных экспедиций: геолого-минералогических, научно-промысловых, почвенно-ботанических, антрополого-этнографических и других.
Предвидя промышленное освоение Кольской земли, и понимая важность и необходимость сохранения целостного участка природных ландшафтов края с их первобытной растительностью и животным миром для будущих поколений, мудрые и дальновидные люди, жившие на Кольском полуострове, профессор Крюгер, директор Хибинского опытного поля И.Г. Эйхфельд, лесничий Имандровского лесничества Я.Н. Рюмин и другие предложили в середине 20-х годов создать заповедник в районе Чуна-тундры и Монче-тундры. Наиболее нуждался в охране в то время дикий северный олень.
Поддержал и претворил эту идею в жизнь Герман Михайлович Крепс. В 1928-29 годах на территории будущего заповедника был проведен учет дикого северного оленя, его оказалось 95 животных, и составлено описание растительности экспедицией Г.Д. Рихтера. На основании предоставленных материалов 17 января 1930 года Ленинградский областной исполнительный комитет (в то время Мурманский округ входил в состав Ленинградской области) принял решение об организации Лапландского заповедника. Главным предназначением заповедника стало сохранение северной тайги, горных тундр и популяции дикого оленя. Площадь заповедника в то время составила около 1600 кв. км.
Летом 1930 года был построен первый кордон в заповеднике на северном берегу Чунозера, в сентябре-октябре были приняты на работу первые три сотрудника, среди них Олег Измайлович Семенов-Тян-Шанский, который записал в своем дневнике об этом времени: «В ту осень морозы наступили рано, и мелкое озеро Воче-ламбина, через которое надо было проехать, чтобы попасть на Чунозерский кордон, стало уже в начале октября. В Октябрьские праздники потеплело, снег стаял. Воспользовавшись этим, мы выехали из поселка Хибины двумя лодками и 14 ноября 1930 года прибыли на Чунозеро: заповедник приступил к работе»
В 1935 году Лапландский заповедник был включен в систему государственных природных заповедников РСФСР. С этого времени и до начала Великой отечественной войны заповедник процветал. Была построена Чунозерская усадьба, где находилось управление заповедника, и жили его сотрудники. Вместе с О.И. Семеновым-Тян-Шанским работали научными сотрудниками Т.П. Некрасова, Н.М. Пушкина, Л.О. Белопольский, А.А. Насимович, которые впоследствии стали известными учеными. В 1938 году был напечатан первый выпуск научных трудов заповедника, вышло из печати первое издание научно-популярной книги «Лапландский заповедник», которую написал О.И. Семенов-Тян-Шанский и Г.М. Крепс. В эти годы сложилась методика научных исследований, были заложены стационары для выполнения наблюдений за природными процессами, работа на многих из них продолжается и сегодня.
Во время Великой отечественной войны заповедник находился в прифронтовой полосе, научная работа была приостановлена, только несколько сотрудников охраны продолжали оставаться на территории заповедника.
После войны вернулись сотрудники, сразу же возобновились научные исследования, проведено первое лесоустройство территории, заповедник окреп, стал на ноги. И новый поворот истории: 29 августа 1951 года постановлением Совета Министров СССР Лапландский заповедник, в числе других 87 заповедников страны, был закрыт.
В кампанию за восстановление заповедной системы СССР включились известные ученые, среди них О.И. Семенов-Тян-Шанский. Шесть лет понадобилось, чтобы 5 ноября 1957 года Совет Министров РСФСР принял решение о восстановлении Лапландского заповедника, а 10 марта 1958 года утвердил границы заповедника, почти не отличавшиеся от прежних. Основные направления деятельности заповедника остались теми же, как и в первый период его существования: «Охрана промыслово-охотничьих животных, исследование их экологии, разработка и осуществление мер по увеличению запаса животных; сохранение типичного участка природы края с его растительным и животным миром для научных и культурно-просветительских целей».
После еще одного организационного эксперимента, когда в 1961 году Лапландский заповедник был объединен с Кандалакшским заповедником и объявлен его филиалом, и который благополучно закончился в 1965 году, Лапландский заповедник вновь восстановлен как самостоятельное учреждение. Наступил период стабильности и относительного благополучия: охрана выполняла свою задачу, проводились плановые научные исследования, велось строительство кордонов и сторожевых изб.
В 70-е годы встает вопрос о расширении территории заповедника в северо-западном направлении с целью сохранения путей миграции диких оленей и их пастбищ в районе Сальных тундр с окружающими их еловыми лесами; верховьев рек Вувы, Роговой и Ливы с заключённым между ними великолепными сосновыми борами-беломошниками (ягельными); сохранения части водораздела между Баренцевым и Белым морями. По предложению Мурманского облисполкома и Главохоты РСФСР, Совет Министров РСФСР, своим решением 13 сентября 1983 года, увеличил территорию Лапландского заповедника практически в два раза (на 129577 га). Общая площадь заповедника теперь составляет 278435 гектаров - почти 3 тысячи квадратных километров. Лапландский заповедник становится одной из крупнейших охраняемых природных территорий в Европе.
15 февраля 1985 года решением ЮНЕСКО образован и включён во Всемирную сеть биосферный резерват «Лапландский заповедник». Лапландский заповедник, как ядро, вошел в состав биосферного резервата. С этого времени полное название заповедника стало звучать так: Лапландский государственный природный биосферный заповедник.
Заповедник благополучно пережил 90-е годы, сохранив в естественном состоянии природные комплексы и объекты. С конца 90-х годов и до настоящего времени, кроме выполнения основных задач, Лапландский заповедник вместе с партнерами, в первую очередь ОАО «Кольская ГМК», планомерно занимается созданием инфраструктуры для приема посетителей на Чунозерской усадьбе заповедника.