Заповедная охрана
На территории заповедника в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов установлен режим особой охраны, запрещающий любую деятельность, противоречащую задачам заповедника. Обеспечение режима особой охраны территории заповедника возложено на службу охраны - государственную инспекцию по охране территории заповедника, которая входит в штат заповедника.
Основные функции государственной инспекции: охрана территории заповедника от нарушителей заповедного режима; охрана заповедных лесов от пожаров; контроль состояния природной среды и надзор соблюдения заповедного режима при выполнении работ на территории заповедника. Государственная инспекция осуществляет в рамках своей компетенции производство по делам об административных правонарушениях заповедного режима в соответствии с законодательством Российской Федерации, т.е. при задержании нарушителей заповедного режима составляет протоколы об административных правонарушениях, рассматривает административные дела, налагает штрафы и предъявляет иски за нанесенный ущерб природной среде.
Большая по площади территория заповедника, сложный и разнообразный ландшафт, отсутствие дорог накладывают свою специфику в работе службы охраны заповедника. Физическая выносливость, навыки следопыта, наблюдательность являются необходимыми качествами госинспектора. В своем распоряжении государственная инспекция имеет современные транспортные средства: снегоходы, вездеходы на шинах низкого давления, автомобили повышенной проходимости, скоростные моторные лодки, также приборы ориентирования, наблюдения и связи. Патрулирование территории заповедника выполняется регулярно вне зависимости от погодных условий, времени суток и года.
Кроме выполнения основных задач, государственные инспектора участвуют в сборе информации о природе заповедника, записывая наблюдения за животными, природными явлениями в свои служебные дневники, ведут фото и видеосъемку природы. Ежегодно работники службы охраны участвуют в учетах животных, помогая научным сотрудникам качественно выполнить экологический мониторинг. При проведении экологических экскурсий на Чунозерской усадьбе также необходима помощь работников службы охраны.