Целью создания Лапландского заповедника является сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем. Поэтому научно-исследовательская деятельность является одним из основных направлений деятельности заповедника.

        Научно-исследовательская деятельность в Лапландском заповеднике началась в первый год работы в 1930 году. Первым научным сотрудником заповедника был О.И. Семенов-Тян-Шанский. В 1935 года, когда заповедник был вошел в систему государственных природных заповедников РСФСР, был образован научный отдел, в котором вместе с О.И. Семеновым-Тян-Шанским работали научными сотрудниками Т.П. Некрасова, Н.М. Пушкина, Л.О. Белопольский, А.А. Насимович, которые впоследствии стали известными учеными.

        Основными направлениями научно-исследовательской деятельности в Лапландском заповеднике являются:
Комплексный экологический мониторинг, направленный на сбор информации о состоянии природных комплексов и объектов, в том числе систематическое ведение Летописи природы;
Инвентаризация флоры и фауны, природных комплексов и объектов, составление аннотированных списков растений и животных;

        Прикладные научные исследования направлены на совершенствование методов экологического мониторинга, на изучение экологии и проведения, оценки состояния популяций редких и других видов растений и животных; выявление неблагоприятных тенденций в динамике природных комплексов, определение их причин и прогноз их последствий; разработку и апробацию мер по сохранению и восстановлению природных и и объектов; научное обеспечение организации экологического просвещения, экологического туризма и рекреационного обслуживания посетителей.

        Научно-исследовательская деятельность в заповеднике осуществляется: штатными научными сотрудниками, внештатными научными работниками, а так же научно-исследовательскими учреждениями, вузами и отдельными лицами на договорных началах.

        В научных исследованиях, проводимых на территории Лапландского заповедника, участвуют:

• Полярно-альпийский Ботанический сад-институт (ПАБСИ);
• Институт проблем промышленной экологии Севера (ИППЭС) Кольского научного центра РАН;
• Ботанический институт РАН;
• Зоологический институт РАН;
• СПБ Университет;
• СПБ Лесной экологический центр;
• Кольский геологический информационно - лабораторный центр;
• Архангельский государственный технологический университет;
• Лесотехническая академия СПБ.